质子治疗使用医疗用加速器产生的高能质子束，以极高的速度射入人体。质子束进入人体后，大部分能量堆积在射程末端，形成尖锐的剂量峰，称为Bragg峰。通过调整，可以使Bragg峰以特定的深度准确复盖肿瘤的整个靶区域，将所有能量释放到癌变部位，在不损伤周边正常组织的情况下精 确杀伤肿瘤，达到良好的治疗效果。
颅底脊索瘤可以采用质子治疗也可以采用重离子治疗，但现在提出了质子束疗法，认为质子束单独或与高能光子疗法并用，可能比通常的放射线治疗单独有效。质子束治疗需要以有回旋加速器的少数单位实施，实施可能有困难，因此可能难以安排，如果自身有条件，可以考虑进行质子束治疗。
但颅底脊索瘤早期的主要建议还是以手术治疗为主，手术后联合质子束治疗，可能有助于改善患者的预后。目前的研究认为脊索瘤的平均生存期约为6.3年，由于该肿瘤具有高度的复发率，通常在手术后2-3年内复发，而且肿瘤复发是患者死亡的最主要原因，因此治疗必须早期积极。
脊索瘤是罕见的原发性恶性肿瘤，一般位于脊柱椎体和椎间盘内，肿瘤一般与大脑组织、脑干、脊髓、颅神经、血管等重要组织器官连接，术后容易复发，切除难度大，目前国际公认的最 佳治疗手段之一是质子重离子治疗剂量集中，对不能手术的脊索瘤比较安全有效。
